1949年12月 解放后的首座南京汽车站在长江路280号投入运行。
1954年5月 南京市成立了第一家专业汽车队，拥有客车13辆，经营路线145公里。
1965年8月 南京汽车站与汽车队合为一体运营，隶属江苏省交通厅南京汽车运输处。
1968年9月 作为南京长江大桥配套工程之一的南京中央门长途汽车站全面开始建设。南京浦口汽车站撤销，人员业务并入中央门汽车站。
1969年10月1日 中央门长途汽车站建成通车，南京到盐城、南通等班线陆续开通。
1975年8月 江苏省南京汽车运输处分立，分别成立江苏省第一、第二汽车运输处，客运业务划归江苏省第二汽车运输处经营。
1978年1月 中央门长途汽车站、江苏省二、四、六客车队、省第十三零担车队、珠江路保养厂等划归第二汽车运输处。总部地址迁至南京市建宁路1号。从此，南京市的长途汽车客运走向了专业化经营的轨道。
1983年 南京长途汽车站被评为交通部文明车站。
1983年6月 江苏省汽车运输公司成立。 江苏省第二汽车运输处成立第八车队。
1984年3月 江苏省第二汽车运输处更名为江苏省汽车运输公司南京客运分公司。随后高淳、溧水两站及原省二十二车队划归南京客运分公司，第二十二车队经过整合，成立第十二、十四车队。年底，成立第十车队。企业生产规模迅速扩大。
1985年1月 江苏省汽车运输公司南京客运分公司属地化管理，划归南京市交通局管理。
1986年后 分别成立公铁分流南京公司、宁港集装箱运输有限公司、太平洋旅游运输有限公司等。南京客运分公司成立第十六、十八汽车队。
1990年2月 南京客运分公司珠江路汽车大修厂整体搬迁至赛虹桥厂区。
1991年6月 江苏省汽车运输公司南京客运分公司更名为江苏南京长途汽车客运总公司。
2005年11月 江苏南京长途汽车客运总公司整体改制，成立江苏南京长途汽车客运集团有限责任公司。
2013年 参与全省14家专业客运企业，组成联盟，成立江苏长运公司，发展接驳运输，实现全省联网售票。
2014年12月 南京市旅游集散中心在汽车东站正式开业经营。
2015年11月 由江苏南京长途汽车客运集团有限责任公司和江苏长运定制客运服务有限公司共同投资组建江苏长运定制客运服务有限公司南京公司。公司以“巴士管家”为平台，以实现公路客运服务“门到门”为核心，主营业务包括定制巴士（城乡定制、县际定制、通勤厂包车定制）、定制快车（省、市及快车）、商务快车（公务快车、商务快车）、机场接送（专线大巴、机场快车）、校园专线、旅游用车、小件快运等。
2016年8月 南京公路客运站务有限公司成立，运营了45年的中央门汽车站整体搬入南京公路客运站（小红山汽车站）。同月，长客集团圆满完成了“青奥会”的交通运输保障任务。
2016年9月 吉利集团旗下战略品牌曹操专车正式落地南京，由吉利集团旗下子公司杭州优行科技有限公司和南京长客集团旗下子公司南京利凯汽车租赁有限公强强联手，合资成立南京长客优行科技有限公司，负责南京曹操专车运营。
2017年1月 开通南京环城游观光巴士，首批开通3条线路，覆盖了中山陵、大报恩寺等新老景点，每20分钟发出一班。
2017年12月 南京汽车客运南站旅游集散中心正式启用，“南京环城游”观光巴士第10条线路同步开通，串联起南京南站、雨花台、侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆。
2018年7月 集团公司承担2018年道达尔杯世界羽毛球锦标赛交通保服务障工作，服务用车67辆，注册驾驶员97人，注册赛事保障人员78人，以“零投诉、零失误”的成绩圆满完成任务。
2018年 8月 投资成立南京长客非急救转运服务有限公司，是南京市政府授权的承运南京市非急救转运社会化服务的独家试点企业，为南京市民康复出院与年老体弱等特殊人群的非院前医疗急救服务、个性化服务需求的转院转运，提供正规、安全、舒适、优质、高效的出行保障服务。
2021年8月 公司代表南京交通运输团队，紧急抽调50辆大型客车、63名驾驶员前往扬州，援助转运集中隔离人员。援扬半个月期间，累计出车200余趟次，实现了零感染、零事故、零投诉。
2022年4月-12月 4月4日凌晨，集团所属白鹭公司30辆大巴驰援上海抗疫，往返上海十四趟次，为援沪南京医疗队提供了安全、舒心的交通运输服务；5月30日，公司抽调51名职工支援南京南站转运专班，至专班工作结束，公司累计派出人员十三批次，超500人次参加过南京南站转运专班工作，他们历经夏季高温、国庆大客流等各种考验，均出色完成了防疫转运任务，为南京交通战疫贡献了长客力量。
新冠肺炎疫情发生以来，公司还陆续承担了南京市公共卫生医疗中心医护人员通勤班车保障、海南返宁人员转运、新疆返宁人员转运等交通运输任务，以实际行动支持抗疫。
2021年9月、10月 宁高公司与润溧公司分别完成收购飞凯公司和溧晨公司股权，通过收购统筹和集约区域性客运资源，盘活和利用经营资质，为公司可持续发展创造条件。