站务板块经过整合，组建了南京公路客运站务有限公司，下设南京汽车客运站、汽车客运南站、汽车东站、客运北站、江宁站和葛塘站等6家客运站及南京联网售票服务中心，管理进站班线300余条，日发客流5万人次，高峰日发18万人次。站务公司成立后，打破班线资源在各车站之间的流动瓶颈，根据旅客流量、流向合理调配全市班线资源，便捷更多的旅客出行需求。随着高铁南京北站进入十三五计划，未来江北客运站也将依高铁站而建，并规划建设泰冯路客运站。
南京汽车客运站（别名：小红山客运站、南京小红山站）位于南京市玄武区红山路1号，比邻南京火车站北站房，位于红山南路以南，南京火车站站北广场东边，属于铁路南京火车站综合枢纽的重要组成部分。南京汽车客运站是一级客运站，现有21个常规售票窗口和10个临时售票窗口；配备18台自助售票机（其中1台为现金售票机），24小时售票；车站启用智能自助闸机，网上购票的乘客可以直接刷身份证进站乘车；车站检票平台划分为上下两层，共44个检票门号；车站共有进站班车800多辆，客运班线380多条，正班日发班次约1100班，车站日发送旅客1.5万人次左右，节日高峰可达6万人次，班车遍及全国19个省64个地区。旅客可乘坐南京地铁1号线、南京地铁3号线至南京站到达。南京汽车客运站紧靠南京火车站，10分钟之内步行可实现普铁、动车、高铁、长途汽车与公交车、出租车、地铁、机场大巴的无缝换乘。
南京汽车客运南站位于南京市雨花台区玉兰路98号，是南京南部新城核心区，比邻亚洲最大高铁站南京南站，是中国首家实现火车、长途客运、地铁、市内公交、出租车、社会车辆等6种运输方式无缝链接和零距离换乘的新型智能化综合枢纽汽车客运站，列为国家重点示范工程。南京汽车客运南站是一级客运站，设有发车位23个，检票口21个，售票窗口22个，配备直升电梯及多部扶手电梯。营运班线156条，辐射范围覆盖山东、浙江、湖北、安徽等六省，平均日发送班车780个班次，运送旅客约1.8万人次，节假日最高单日运送旅客量7.5万人次。旅客可乘坐南京地铁1号线、南京地铁3号线、南京地铁S1、S3号线至南京南站到达。南京汽车客运南站紧靠南京火车南站，10分钟之内步行可实现普铁、动车、高铁、长途汽车与公交车、出租车、地铁、机场大巴的无缝换乘。
南京葛塘汽车客运站为二级汽车客运站，位于南京化学工业园区宁六路400号，雍庄立交与葛塘立交之间。葛塘站区位优越辐射面广，依托雍庄立交，北通鲁冀、南达沪杭、西到皖豫、东至通扬，是省会城市南京的门户。葛塘站服务圈辐射范围包括南京化学工业园区、六合区、浦口区。葛塘站占地面积14亩，建筑总面积5736平方米，停车场地6000平方米，公共基础设施配套齐全，设计日发旅客量5000人次。目前随着地铁S8号线的贯通，葛塘站年发送旅客已逾60万，并实现与南京各公路客运站联网售票和一线通配载。