南京东渡(定制)公司隶属国有控股的江苏南京长途汽车客运集团，现管理的江苏长客东渡高速客运有限公和江苏长运定制客运服务南京有限公司，分别成立于1996年8月和2015年11月，均为长客集团全资子公司。公司现有5-55座各类营运客车150台，主营业务包括通勤班车、旅游包车、商务用车、机场接送、校园专线、车辆租赁等。公司秉承“以客户为中心”的服务理念，凭借数十年专业运输管理经验，依托集团强大保障能力，长期为南京市及周边大型企事业单位提供通勤用车和会务保障服务，为“青奥会”、“亚青会”、“羽毛球世锦赛”等大型赛事项目提供交通保障服务，获得省、市及行业管理部门的高度评价。
南京利凯汽车租赁有限公司于2001年6月8日成立，注册资金1000万元，是江苏南京长途汽车客运集团有限责任公司全资子公司。公司现有管理人员8人，在营出租车52辆。经营范围主要为：汽车租赁、汽车代驾及咨询服务；汽车、汽车配件销售、技术服务、技术咨询；代理汽车过户、年检、上牌服务；自有房屋租赁；许可项目：道路货物运输（不含危险货物）；托管宁港汽车运输有限公司。
南京白鹭快件运输有限公司是江苏南京长途汽车客运集团有限责任公司下属的快件运输企业。在南京汽车客运站（小红山站）、南京汽车客运南站设有营业点，依托客运班线营运网络开展快件业务，业务范围辐射浙江、安徽、河南、山东、江苏等省90多个县市，快递物品可当日到达，既安全又快捷。
南京长客非急救转运服务有限公司，是江苏南京长途汽车客运集团有限责任公司的控股子公司，2018年在南京市委市政府领导关心下，由市卫健委、市交通运输局、市公安局交通管理局等六部门共同授权批准成立，于当年8月31日正式营运，开通专用服务热线025-962120，为起点和终点有一端在南京非急救类病人提供合法正规、安全可靠、收费透明的转运服务。目前在职员工近200人，转运车辆90台。服务热线962120已成为南京公共服务的一张名片。南京非急救962120不仅是市政府民生工程，还是南京城市战备应急救援保障单位，全程参与了南京市各区新冠防疫转运工作，得到市政府和市防疫指挥部的嘉奖。
南京旅游集散中心是南京城市旅游基础设施和“传播城市文化、展示城市形象”的窗口，他既是为游客提供旅游服务产品的经营实体，更是具有公共服务性质的旅游资源平台，以规模化经营、标准化服务、程序化运作来构建南京本地的旅游公共服务体系。2014年底，南京长客集团在原市旅游委（现文化和旅游局）、市交通局的大力支持下，出资成立了南京旅游集散中心，根据江苏省《关于全面构建“畅游江苏”体系促进旅游业改革发展的实施意见》和《南京市旅游集散体系规划》文件要求，以旅游集散中心为载体，加强与全国其他城市的旅游集散中心的联盟合作，整合区域旅游资源，搭建 “公共服务为主、实体经营为辅”旅游服务平台，为广大游客提供“吃、住、行、游、购、娱”一站式的旅游服务，形成交通、景点、客流、信息四网合一的集散体系。2015年南京东站旅游集散中心挂牌运营，2017年南京南站旅游集散中心投入运营，2020年初，完成了南站集散中心二次优化改造，完成了南京南站中轴线和南京火车站南广场出口旅游咨询服务处的建设，实现了旅游和交通融合发展。
南京汽车客运站（别名：小红山客运站、南京小红山站）位于南京市玄武区红山路1号，比邻南京火车站北站房，位于红山南路以南，南京火车站站北广场东边，属于铁路南京火车站综合枢纽的重要组成部分。南京汽车客运站是一级客运站，现有21个常规售票窗口和10个临时售票窗口；配备18台自助售票机（其中1台为现金售票机），24小时售票；车站启用智能自助闸机，网上购票的乘客可以直接刷身份证进站乘车；车站检票平台划分为上下两层，共44个检票门号；车站共有进站班车800多辆，客运班线380多条，正班日发班次约1100班，车站日发送旅客1.5万人次左右，节日高峰可达6万人次，班车遍及全国19个省64个地区。旅客可乘坐南京地铁1号线、南京地铁3号线至南京站到达。南京汽车客运站紧靠南京火车站，10分钟之内步行可实现普铁、动车、高铁、长途汽车与公交车、出租车、地铁、机场大巴的无缝换乘。
南京汽车客运南站位于南京市雨花台区玉兰路98号，是南京南部新城核心区，比邻亚洲最大高铁站南京南站，是中国首家实现火车、长途客运、地铁、市内公交、出租车、社会车辆等6种运输方式无缝链接和零距离换乘的新型智能化综合枢纽汽车客运站，列为国家重点示范工程。南京汽车客运南站是一级客运站，设有发车位23个，检票口21个，售票窗口22个，配备直升电梯及多部扶手电梯。营运班线156条，辐射范围覆盖山东、浙江、湖北、安徽等六省，平均日发送班车780个班次，运送旅客约1.8万人次，节假日最高单日运送旅客量7.5万人次。旅客可乘坐南京地铁1号线、南京地铁3号线、南京地铁S1、S3号线至南京南站到达。南京汽车客运南站紧靠南京火车南站，10分钟之内步行可实现普铁、动车、高铁、长途汽车与公交车、出租车、地铁、机场大巴的无缝换乘。
南京葛塘汽车客运站为二级汽车客运站，位于南京化学工业园区宁六路400号，雍庄立交与葛塘立交之间。葛塘站区位优越辐射面广，依托雍庄立交，北通鲁冀、南达沪杭、西到皖豫、东至通扬，是省会城市南京的门户。葛塘站服务圈辐射范围包括南京化学工业园区、六合区、浦口区。葛塘站占地面积14亩，建筑总面积5736平方米，停车场地6000平方米，公共基础设施配套齐全，设计日发旅客量5000人次。目前，葛塘站年发送旅客已逾60万，并实现与南京各公路客运站联网售票和一线通配载。