运输产业包括道路客运、通勤班车、旅游包车、出租车、校车等传统客运业务及为适应新市场形势推出的定制快车、曹操专车、机场专线、医疗直通车、非急救转运等“互联网+”业务。其中，主业道路客运现有20多家运输全资和控股、参股企业，各类营运车辆800余辆，运营班线辐射江苏省内、山东、安徽、河南、江西等省90余个县市，承担着南京70%以上公路长途旅客运输任务。
站务板块经过整合，组建了南京公路客运站务有限公司，下设南京汽车客运站、汽车客运南站、汽车东站、客运北站、江宁站和葛塘站等6家客运站及南京联网售票服务中心，管理进站班线300余条，日发客流5万人次，高峰日发18万人次。站务公司成立后，打破班线资源在各车站之间的流动瓶颈，根据旅客流量、流向合理调配全市班线资源，便捷更多的旅客出行需求。随着高铁南京北站进入十三五计划，未来江北客运站也将依高铁站而建，并规划建设泰冯路客运站。
旅游产业是集团公司转型发展的主要方向，涵盖南京市各旅游集散中心、旅行社、线上平台、旅游运输以及文化创意等多个方面。在南京汽车客运南站设立了散客旅游服务平台——南京旅游集散中心；配合旅游集散中心体系，设立了以“乡村游”业务为主的美在乡村旅游公司，以“周边游”业务为主的长客行行旅游公司，以“环城游”业务为主的都市观光巴士公司，以专注于旅游客运融合信息化平台服务为主的运游通公司等。
修理板块由苏创汽车维修服务有限公司、南京茂昌机动车检测有限公司组成。下设苏创、幕府、东站、小车4个修理厂，检测站、加油站及宇通南京配件中心库，经营范围涵盖汽车服务全产业链，包括汽车销售（客车销售）、配件供应、大中小型车辆维修、救援、博世柴油系统维修、汽车检测、二手车交易等。
三产板块由资产经营公司、长江装饰城、雄狮电子商城等组成，主要经营范围包括商城店铺租赁、物业管理、停车管理、驾驶培训及土地开发利用，对内履行集团公司后勤保障。长江装饰城、雄狮电子商城作为区域老牌卖场，在市民心目中有较高的知名度。
溧高板块由长客集团下属润溧公司和宁高公司组成，通过将溧水区和高淳区客运资源、旅游资源、管理资源协调共享，形成区域力量，打通区域瓶颈，促进整体发展。主营业务为道路客运、车辆维修、公交班线、出租车等，同时配合集团公司旅游集散中心体系打造，建立溧水、高淳旅游集散分中心，开发旅游业务；盘活现有资产，积极引进合作伙伴，承接区域校车业务；积极尝试定制班线、定制包车、机场班线等新型运输业务。
南京长运公路运输有限公司成立于2012年12月，现有职工187人，其中管理人员40人，驾驶人员147人。公司拥有宇通、沃尔沃、安凯、中通等各类中高档营运客车95辆；营运线路19条，辐射启东、海门、南通、盐城、射阳、大丰、徐州、金湖、滨海、阜宁、淮安、扬州、江阴、金坛、常熟等市县。公司自成立来，一直遵循公车公营经营模式，始终秉持服务至上经营理念，为广大旅客平安出行提供优质的班线客运服务，南京至常熟、南京至金湖班线荣获南京市“工人先锋号”荣誉称号。公司拥有技术精湛、服务过硬驾驶员队伍，驾驶员李龙艳、唐杰、顾洁、周忠华等人先后荣获南京市劳动模范、省市最美交通人、省市技术能手、市“五一”劳动奖章、南京市首届工匠、300万公里优秀驾驶员、南京市好市民、全国无偿献血奉献金奖等荣誉称号。公司坚持以实际行动践行国企担当，先后参加了2013年南京亚青会、2014年南京青奥会、2017年世界轮滑锦标赛和2018年世界羽毛球锦标赛等重大活动赛事交通运输保障服务。疫情期间，派出团队支援扬州、南京南站转运专班，承担了南京市公卫中心医务人员通勤班车、海南返宁人员转运、新疆返宁人员转运等交通保障任务，受到了政府和社会各界的高度好评。
南京白鹭高速客运股份是专门从事长途客运及旅游运输的股份制企业，是具有一级道路客运经营资质、省市际旅客班线运输及省市际旅游包车运输资格的专业客运企业，现有职工94人，其中管理人员29人，驾驶人员65人，实际运营车辆73辆。公司拥有ISO9001:2015质量体系认证和安全标准化一级资质。经营范围包括长途客运、旅游包车、商务包车、赛事包车、通勤车等业务。白鹭人凭着诚实守信的经营理念，服务至上的工作作风，获得了一系列荣誉，涌现了许多先进典型：白鹭品牌于2012年获得南京市名牌称号，2015年荣获江苏省名牌称号。公司于2013年荣获“第二届亚洲青年运动会交通运输保障优秀团队”，2015年荣获“服务保障南京青奥会立功单位”，公司2016-2018年度、2019-2021年度连续被评为南京市文明单位，2020年被授予全省道路交通运输行业抗击新冠疫情优秀集体。驾驶员徐友祥、范本华、童建军荣获了市劳动模范、江苏省市“五一”劳动奖章、省市最美交通人、省市技术能手、2018年度“感动交通”年度人物、南京市好市民、南京好人等荣誉。公司先后为2013年南京亚青会、2014年南京青奥会、国家公祭日、2017世界轮滑锦标赛、2016-2017赛季CBA联赛、2018年上海合作组织会议、2018年羽毛球世锦赛、2022年驰援上海抗疫医护人员交通保障等大型赛事活动和重大交通任务提供高效、优质的运输服务保障，获得了一致好评。
长客运输一公司是主要从事省际班线运营和道路接驳运输专业运输公司，现有人员159人，其中管理人员36人，驾驶人员123人。拥有宇通、苏州金龙、安凯等各类营运客车53辆，拥有接驳资质车辆2辆，营运路线40条，辐射苏、鲁、皖、豫等4省30余市。公司驾驶员陆世荣先后被授予江苏省“五一劳动奖章”、省技术能手、省五一创新能手、南京市银牌驾驶员等荣誉称号。
江苏长运定制客运服务南京有限公司是由江苏南京长途汽车客运集团有限责任公司和江苏长运定制客运服务有限公司共同投资组建，成立于2015年11月。现有管理人员15人，驾驶人员50人，管理车辆107辆，营运车辆56辆，租赁车辆51台。经营范围覆盖：定制班车客运、市区班车、旅游包车、汽车租赁、省市党政、事业及团体乘用车租赁服务定点采购平台用车等业务。公司自成立来，参与了世界轮滑赛及世界羽毛球赛、欢乐谷接驳车、长江潮音乐节等重大活动赛事交通运输保障任务，以优质服务实现了“零投诉”，获得了社会一致好评。2021年，公司积极参与政府社会化车辆租赁项目投标工作，成功中标江苏省省级及南京市党政机关、事业单位及团体组织乘用车租赁服务项目，现为政府社会化车辆租赁项目供应商，为政府部门用车服务提供交通保障。
南京利凯汽车租赁有限公司于2001年6月8日成立，注册资金1000万元，是江苏南京长途汽车客运集团有限责任公司全资子公司。公司现有管理人员8人，在营出租车52辆。经营范围主要为：汽车租赁、汽车代驾及咨询服务；汽车、汽车配件销售、技术服务、技术咨询；代理汽车过户、年检、上牌服务；自有房屋租赁；许可项目：道路货物运输（不含危险货物）；托管宁港汽车运输有限公司。
南京白鹭快件运输有限公司是江苏南京长途汽车客运集团有限责任公司下属的快件运输企业。在南京汽车客运站（小红山站）、南京汽车客运南站设有营业点，依托客运班线营运网络开展快件业务，业务范围辐射浙江、安徽、河南、山东、江苏等省90多个县市，快递物品可当日到达，既安全又快捷。