运输产业包括道路客运、通勤班车、旅游包车、出租车、校车等传统客运业务及为适应新市场形势推出的定制快车、曹操专车、机场专线、医疗直通车、非急救转运等“互联网+”业务。其中，主业道路客运现有20多家运输全资和控股、参股企业，各类营运车辆800余辆，运营班线辐射江苏省内、山东、安徽、河南、江西等省90余个县市，承担着南京70%以上公路长途旅客运输任务。
南京长运公路运输有限公司成立于2012年12月，拥有宇通、沃尔沃、安凯、中通等各类中高档营运客车95辆；营运线路19条，辐射启东、海门、南通、盐城、射阳、大丰、徐州、金湖、滨海、阜宁、淮安、扬州、江阴、金坛、常熟等市县。公司自成立来，一直遵循公车公营经营模式，始终秉持服务至上经营理念，为广大旅客平安出行提供优质的班线客运服务，南京至常熟、南京至金湖班线荣获南京市“工人先锋号”荣誉称号。公司拥有技术精湛、服务过硬驾驶员队伍，驾驶员李龙艳、唐杰、顾洁、周忠华等人先后荣获南京市劳动模范、省市最美交通人、省市技术能手、市“五一”劳动奖章、南京市首届工匠、300万公里优秀驾驶员、南京市好市民、全国无偿献血奉献金奖等荣誉称号。公司坚持以实际行动践行国企担当，先后参加了2013年南京亚青会、2014年南京青奥会、2017年世界轮滑锦标赛和2018年世界羽毛球锦标赛等重大活动赛事交通运输保障服务。疫情期间，派出团队支援扬州、南京南站转运专班，承担了南京市公卫中心医务人员通勤班车、海南返宁人员转运、新疆返宁人员转运等交通保障任务，受到了政府和社会各界的高度好评。
南京白鹭高速客运股份有限公司成立于2002年，是具有一级道路客运经营资质、省市际旅客班线运输及省市际旅游包车运输资格的专业客运企业。公司拥有ISO9001:2015质量体系认证和安全标准化一级资质。经营范围包括长途客运、旅游包车、商务包车、赛事包车、通勤车等业务。白鹭人凭着诚实守信的经营理念，服务至上的工作作风，先后荣获省市级著名商标、名牌企业称号，荣获南京市文明单位、省市级工人先锋号、先进基层党组织等荣誉，涌现了许多先进典型：公司于2013年荣获“第二届亚洲青年运动会交通运输保障优秀团队”，2015年荣获“服务保障南京青奥会立功单位”，公司2016-2018年度、2019-2021年度连续被评为南京市文明单位，2020年被授予全省道路交通运输行业抗击新冠疫情优秀集体。驾驶员徐友祥、范本华荣获了南京市劳动模范、江苏省交通运输系统劳动模范、省市级“五一”劳动奖章、省市级最美交通人、省市级交通技术能手、2018年度“感动交通”年度人物、南京市好市民、南京好人等荣誉。公司先后为2013年南京亚青会、2014年南京青奥会、国家公祭日、2017世界轮滑锦标赛、2016-2017赛季CBA联赛、2018年上海合作组织会议、2018年羽毛球世锦赛、2022年驰援上海抗疫医护人员交通保障等大型赛事活动和重大交通任务提供高效、优质的运输服务保障，获得了一致好评。
南京东渡(定制)公司隶属国有控股的江苏南京长途汽车客运集团，现管理的江苏长客东渡高速客运有限公和江苏长运定制客运服务南京有限公司，分别成立于1996年8月和2015年11月，均为长客集团全资子公司。公司现有5-55座各类营运客车150台，主营业务包括通勤班车、旅游包车、商务用车、机场接送、校园专线、车辆租赁等。公司秉承“以客户为中心”的服务理念，凭借数十年专业运输管理经验，依托集团强大保障能力，长期为南京市及周边大型企事业单位提供通勤用车和会务保障服务，为“青奥会”、“亚青会”、“羽毛球世锦赛”等大型赛事项目提供交通保障服务，获得省、市及行业管理部门的高度评价。
南京利凯汽车租赁有限公司于2001年6月8日成立，注册资金1000万元，是江苏南京长途汽车客运集团有限责任公司全资子公司。公司现有管理人员8人，在营出租车52辆。经营范围主要为：汽车租赁、汽车代驾及咨询服务；汽车、汽车配件销售、技术服务、技术咨询；代理汽车过户、年检、上牌服务；自有房屋租赁；许可项目：道路货物运输（不含危险货物）；托管宁港汽车运输有限公司。
南京白鹭快件运输有限公司是江苏南京长途汽车客运集团有限责任公司下属的快件运输企业。在南京汽车客运站（小红山站）、南京汽车客运南站设有营业点，依托客运班线营运网络开展快件业务，业务范围辐射浙江、安徽、河南、山东、江苏等省90多个县市，快递物品可当日到达，既安全又快捷。
南京长客非急救转运服务有限公司，是江苏南京长途汽车客运集团有限责任公司的控股子公司，2018年在南京市委市政府领导关心下，由市卫健委、市交通运输局、市公安局交通管理局等六部门共同授权批准成立，于当年8月31日正式营运，开通专用服务热线025-962120，为起点和终点有一端在南京非急救类病人提供合法正规、安全可靠、收费透明的转运服务。目前在职员工近200人，转运车辆90台。服务热线962120已成为南京公共服务的一张名片。南京非急救962120不仅是市政府民生工程，还是南京城市战备应急救援保障单位，全程参与了南京市各区新冠防疫转运工作，得到市政府和市防疫指挥部的嘉奖。
南京长客优行网络科技有限公司是由南京利凯汽车租赁有限公司、杭州优行科技有限公司共同投资组建。主要负责南京地区“曹操专车”的运营。公司成立于2015年，秉持“低碳致尚、服务至上”的核心价值观，以新能源汽车为运营主体开展网约专车、出租车、同城快送、低碳商城、曹操碳银行等业务，致力于为用户提供更高品质、更多元化的绿色出行服务。“说曹操，曹操到”，曹操专车是您出行的最优选择。